1851至1950年间，是近代真菌学全面发展的黄金时期。魏泰克在1969年提出五界系统，使真菌界从植物界独立出来，现代真菌学得以更加迅速的发展。

真菌学在世界范围内蓬勃成长，在中国也是如此。

1953年1月，前“中央研究院”与“北平研究院”真菌部合并成立“中国科学院植物所真菌植物病理研究室”，国内真菌研究的先驱戴芳澜院士担任了其主任及真菌学组组长。

在真菌植病研究室的基础上，1956年12月“中国科学院应用真菌学研究所”成立，并在1958年12月与“北京微生物研究室”合并，真菌学研究组扩展为真菌研究室，邓叔群时任主任。

邓叔群

随着《中国的真菌》、《中国真菌总汇》出版，中国孢子植物志编委会成立，《真菌学报》创刊，新疆托木尔峰科学考察、神农架采集考察等多项工作的进展，真菌研究室对真菌的各项研究都对中国的真菌学发展起到了重要的推动作用。

到1985年8月，“真菌地衣系统学开放研究室”，也就是“真菌学国家重点实验室”的前身在此基础上正式成立，对菌物研究更加深入。对世界各地的真菌进行深入的实地考察和研究，将理论、实验、实际相结合，发表了大量学术文章、书籍，并拥有了包括“一种冬虫夏草发酵菌丝体多糖的提取方法”、“一种提取灵芝孢子脂溶性活性物质的方法及其专用设备”等多项专利。

2011年，“真菌学国家重点实验室”正式被科学部批准建设，以真菌系统进化及生态学、真菌遗传与发育、真菌活性产物与健康、真菌生物技术与应用为主要研究方向。为了支撑真菌学基础和应用研究，实验室还创建了六个创新性研究平台，包括真菌资源研究平台、真菌分类鉴定和分子生态研究平台、真菌遗传操作和蛋白表达平台、真菌次级代谢产物研究平台、真菌生物信息学分析平台，以及应用真菌平台。

现在真菌学的快速发展，为菌物医学的创立奠定了坚实的基础。菌物医学是以菌物、人、环境为对象，研究三者之间关系的学科。菌物作为菌物医学研究的核心对象之一，其相关领域的发展必然会推动菌物医学的前进。